Wie geplant schliesst die Jahresrechnung 2016 mit einem Ertragsüberschuss. Dieser soll vorerst den Reserven zugewiesen werden, welche anschliessend während der Beitragsperiode 2017–2020 gezielt für den Ausgleich vorübergehend sinkender Bundesbeiträge und für die Kontinuität der Forschungsförderung eingesetzt werden.
Das Wachstum der Bundesbeiträge 2016 hat das positive Ergebnis stark beeinflusst, obwohl der SNF bereits von einer Kreditsperre betroffen war. Der im Vergleich zu 2015 tiefere Aufwand für Forschungsförderung ist auf geringere Belastungen bei den Programmen und Infrastrukturen zurückzuführen, während der Rückgang beim Aufwand für die Abgeltung indirekter Forschungskosten damit zu tun hat, dass im Vorjahr Overhead-Vergütungen für die Projekte im Rahmen der temporären ERC-Ersatzmassnahmen geleistet wurden. Der Anstieg bei der wissenschaftlichen Begutachtung geht hauptsächlich auf höhere Aufwände für den Forschungsrat, die Leitungsgruppen der NFP und die NFS-Begleitkomitees zurück.