Der Aufwand für die Forschungsförderung ist 2019 deutlich gestiegen. Ende Jahr resultierte ein Verlust von 80 Millionen Franken. Dieser ist durch die Reserven gedeckt.
Vor allem für die Projektförderung und für das Programm Sinergia hat der SNF mehr Mittel eingesetzt. Insgesamt gab er für die Forschungsförderung und die Abgeltung indirekter Kosten der Hochschulen (Overhead) erstmals über 1 Milliarde Franken aus. Da laut Gesetz die Reserven eine bestimmte Obergrenze nicht überschreiten dürfen, mussten die Beiträge des Bundes um rund 40 Millionen Franken nach unten korrigiert werden. Dies vergrösserte das negative Jahresergebnis. Die bereits bewilligten Förderungsbeiträge für die nächsten sechs Geschäftsjahre nahmen deutlich zu, auf über 1,5 Milliarden Franken (vgl. Seite 28, Bewilligte Beiträge für zukünftige Geschäftsjahre per 31.12.2019). Der Aufwand für die Geschäftsstelle ist mit 6,5 Prozent weniger stark gestiegen als derjenige für die Forschungsförderung. Zusätzliche Kosten verursachten vor allem die Informatiksysteme, die die Prozesse der Gesuchsevaluation unterstützen.